大唐女巡按的大结局是：

武帝闻言大怒，令谢瑶环缉拿真凶。

武帝亲自督察谢瑶环申案。

谢瑶环拿出老仵作临死留下的验尸单，金士钊拒不认罪。

谢瑶环又带出魏朴，金士钊看到魏朴没死，有点慌了。

谢瑶环又拿出魏朴的粮库账簿和有礼单的扇子，金士钊看到人证物证俱全，情知大势已去。

谢瑶环以七宗罪宣判金士钊，命人押往闹市斩立决。

武帝看到谢瑶环破解岐州大案，要奖赏她。

谢瑶环启奏道，岐州案还有幕后主使，并带来了相关证据，想让武帝准许破了于昭德一案。

武帝看了，下旨厚葬江参军，重赏谢瑶环，了结了岐州大案，并让谢瑶环把物证等都移交给武承嗣侧查。

唐敏担心秦明的安危，谢瑶环告知，秦明一直在执行一项特殊使命。

原来金士钊派人对谢瑶环下毒之时，谢瑶环声称中毒和秦明两人密谈时，就知道秦明有苦衷，就让秦明配合演戏，和关中帮周旋。

当崔继找到秦明时，谢瑶环让秦明将计就计，假装效忠武承嗣，以便探知对方的阴谋。

崔继为了试探秦明，命他暗杀彩蝶，不料误伤谢瑶环。

唐敏这才知道误会了秦明。

武帝看到小佛爷古灵精怪，很是喜欢，要小佛爷随她回宫。

彩蝶又请求谢瑶环帮忙撮合和连庭飞结为连理，谢瑶环强颜欢笑，答应等事情了结后再说。

皇上病重，武帝立即返宫，手书密诏一封留与谢瑶环。

谢瑶环和月仙摸不透武帝到底是何用意。

心急打开一看是倦鸟回笼四个字，知道武帝是希望她了结未了之事，和连庭飞挥刀斩情丝。

谢瑶环不想再为此烦心，她更担心武承嗣对秦明下毒手，秦明遇难，唐敏也不会独活。

谢瑶环思虑无法掌握自己的命运，但是可以帮助秦明、唐敏逃脱厄运。

谢瑶环与连庭飞相约湖边，连庭飞因要与谢瑶环远走天涯而兴奋不已。

谢瑶环看着眼里，痛在心里，更难启齿说出武帝的密诏。

谢瑶环让连庭飞发誓帮她完成一个承诺，连庭飞不疑有他，满口答应。

唐敏发现秦明不见了，担心他的安危，着急地找月仙要与秦明生死相随。

月仙让秦明和唐敏两人隐姓埋名，远走高飞。

月仙羡慕秦明、唐敏从此可以男耕女织，长相厮守，不禁又想起了欧阳书办。

谢瑶环设宴请连庭飞、彩蝶等人。

谢瑶环说要实现对妹妹的承诺，让连庭飞按照承诺和彩蝶定情。

小佛爷闻言跳了起来，指责彩蝶自私，拆散谢瑶环和连庭飞两个真心相爱的人。

彩蝶不顾谢瑶环，执意要和连庭飞在一起。

两人争吵不休。

众人离去，屋内只留谢瑶环、连庭飞二人。

连庭飞万万料不到谢瑶环把他让给彩蝶，心如刀割，喝下断肠酒。

答应谢瑶环只能把彩蝶当做亲妹妹一样照顾，不再对任何女子动情。

谢瑶环也痛不欲生，泪流满面。

回宫途中，谢瑶环发现小佛爷不在轿中，原来她偷偷地溜了，继续尾随连庭飞浪迹天涯。

而月仙也提出在欧阳书办葬地出家，以告慰欧阳的亡灵。

谢瑶环、连庭飞两个有情人无奈离别，永失其爱。

唐敏和秦明在一起，月仙为欧阳守墓，谢瑶把庭飞让给了妹妹以后奉武则天的旨意去办案了。

在《大唐女巡按》的最后唐敏和秦明隐姓埋名在一起了、欧阳为了救月仙失去了性命，月仙伤心至极决定给欧阳终身守墓。谢瑶环的妹妹彩蝶求谢瑶环成全自己和庭飞，谢瑶环最终为了妹妹成全了她和庭飞，而谢瑶环则奉武则天的旨意去另一个地方继续查案，从此仗剑天涯为民伸冤去了。武则天则最终想明白了也不再追究武承嗣的罪责。

秦明与唐敏共同浪迹天涯，而朱月仙则出家做尼姑，伴于欧阳左右，谢瑶环则又被武则天任命为巡按，去梁州查案，连庭飞应该是随其同去。但武承嗣却没被绳之以法