迈克尔在洛杉矶找到了格蕾琴和威斯勒，得知莎拉还活着。通过莎拉父亲的好友布鲁斯-贝奈特先生，迈克尔找到了莎拉，二人终于重逢了。

在巴拿马，苏克雷、巴里克和T-bag也在一场骚乱中逃出了Sona监狱。

这时自称国家安全局探员的丹-谢尔夫来到众人面前，要求他们与自己合作搞垮某公司。

他们必须潜入一个神秘的场所，偷到与公司有关的情报，然后用这些情报来换取自由。

《越狱》第三季的草草收场，令很多观众遗憾。为此，FOX公司希望通过变换角色、增加故事等方式重新赢回观众的认可。

迈克再次越狱成功，去找“公司”复仇；莎拉惨遭“撕票”而身首异处；斯科雷为救朋友身陷囹圄；T-Bag干掉监狱大佬当上首领……尽管是草草收场，但《越狱》第三季还是留下了诸多悬念，而这些都将成为第四季的卖点。

在第四季中，莎拉的回归是最大亮点。在经历了一系列变故后，她改变了对人生的看法，展现出内心更多的黑暗面，并将与迈克联手直接准备摧毁“公司”。

第四季将是《越狱》的最后一季，会是最血腥的一季， Michael和Linc会为Sara复仇并将阴谋大白于天。他说，“Michael在短时间内失去了太多，他不是一个坏人，但Sara的死对他打击太沉重，我认为他觉得对Sara的死有责任，所以我不认为他会有大团圆结局，她才是他的大团圆结局。”